Przez Mongolię biegnie dział wodny rozgraniczający zlewisko Morza Arktycznego i Pacyfiku oraz bezodpływowych obszarów Azji. Tu mają swe źródła potężne syberyjskie rzeki, jak Selenga czy Jenisiej. Także stąd wypływa Amur prowadzący wody do Oceanu Spokojnego. Dwie trzecie obszaru kraju to obszar bezodpływowy.

Cechą charakterystyczną wielu mongolskich rzek jest tendencja do zmiany biegu (stąd występowanie licznych suchych dolin) oraz występowanie małych wezbrań wiosennych i silnych kilkakrotnych wezbrań letnich. Po dniu czy dwóch dniach ulewy poziom wody może podnieść się bardzo gwałtownie. Podróżując latem po Mongolii, warto o tym pamiętać - czasem gwałtowna ulewa może na kilka dni odciąć nas od świata lub przynajmniej utrudnić przeprawy przez rzeki.

Jeziora występujące w Mongolii są reliktami dawnych akwenów wodnych o olbrzymich rozmiarach. Istniejące dziś w Kotlinie Wielkich Jezior płytkie i zasolone akweny wodne połączone były kiedyś w jedno ogromne jezioro. Inny charakter ma tektoniczne jezioro Chubsugul zbliżone w swej genezie do Bajkału. Jest to najgłębsze (260 metrów głębokości) jezioro Mongolii i drugie pod względem powierzchni. Do najpiękniejszych mongolskich akwenów wodnych należy jezioro Terchijn Cagaan Nuur położone wśród wulkanicznej scenerii gór Tarwagataj.