Botanicy mówią o pustynno-stepowym charakterze flory Mongolii. Składają się na nią "uchodźcy" spośród rozmaitych roślin spotykanych zwykle na terenach górskich, które przystosowały się do szczególnych kserotermicznych warunków typowych dla Azji Centralnej. Na ogólną liczbę roślin naczyniowych występujących w Mongolii składa się 2710 gatunków należących do 122 rodzin, ok. 930 gatunków porostów (39 rodzin) i około 417 gatunków mchów (38 rodzin). W rejestrze gatunków zagrożonych wyginięciem znajdziemy ponad 130 gatunków roślin. Około 845 gatunków uznano za rośliny lecznicze, a 120 stanowi gatunki jadalne, stosowane w mongolskiej kuchni, jak np. czosnek ałtajski (Alium anisopodium).

Tajga górska zajmuje 8% powierzchni kraju i porasta głównie północne jego obszary. W skład drzewostanu świetlistego lasu w Mongolii wchodzi głównie modrzew syberyjski Larix sibirica (70%) tworzący stosunkowo niskie drzewostany (12 - 15 m), które urozmaicają pojedyncze okazy świerka (Picea obovata), jodły (Abies sibirica) i limby (Pinus sibirica). Czyste drzewostany limbowe występują rzadko - zazwyczaj w wysokich partiach gór. W miejscach suchych występuje też sosna pospolita. Drzewa liściaste zajmują drugorzędne miejsce w lasach mongolskich. Brzozy i osiki razem z modrzewiem tworzą z reguły lasy mieszane. Świetlistą tajgę modrzewiową charakteryzuje dość bogate poszycie, na które składają się krzewy, krzewinki oraz liczne rośliny zielne. Wśród śródleśnych polan, łąk turzycowo-trawiastych i torfowisk odnajdziemy różnokolorowe gatunki kwiatów kwitnących od maja do połowy sierpnia. Do najpiękniejszych kwiatów strefy tajgi syberyjskiej z pewnością można zaliczyć gatunki z rodzin jaskrowatych - tojad (Aconitum kusnezofii, A. anthoroideum, A. barbatum), pełnik (Trollius saianense, T. asiaticus), ostróżka (Delphinium elatum), orlik (Aquilegia sibirica), miłek (Adonis sibirica) - makowatych, liliowatych i kosaćcowatych. Tajga kryje też liczne rośliny lecznicze, użytkowe i jadalne. Tutejsza ludność stosuje je jako lekarstwa na wszelkie dolegliwości, naturalne barwniki, ziołowe herbaty, przyprawy i dodatki do ubogiej kuchni mongolskiej.

Strefa wysokogórska zajmująca 4% powierzchni Mongolii obejmuje najwyższe piętra gór. Roślinność niejednokrotnie przybiera tu charakter stepu wysokogórskiego z suchymi łąkami kobrezjowymi. Często zdarza się też, że łąki graniczą bezpośrednio z górską tundrą, zwłaszcza na południowych, pozbawionych lasu stokach. W piętrze wysokogórskim spotkamy turzyce (Carex rupestris), kobrezje (Kobresia bellardii, K. sibirica), skalnice (Saxifraga oppositifolia), goryczki (Gentiana algida), różaneczniki o skórzastych liściach i dużych złocistych kwiatach. Rośnie tu też pięciornik śnieżny, zwany herbatą kurylską (Potentilla nivea), jałowiec (Juniperus nana vel Sibirica), dębik (Dryas oxyodonta). Pojawiają się również brzozy i wierzby. Powyżej tego piętra występuje górska tundra z gatunkami arktyczno-wysokogórskimi.

Górna granica lasu w górach Mongolii leży na wysokości ok. 2000 - 2500 m n.p.m. W strefie wysokogórskiej występuje karagana (Caragana jubata), krzew o wysokości ok. 1 m, tworzący zarośla podobne do naszej kosodrzewiny. W Chenteju spotyka się sosnę karłowatą tworzącą górną granicę lasu oraz tzw. "jerniki" - gęste, trudne do przebycia zarośla krzaczastej brzozy, która chętnie krzewi się na wilgotnych bagiennych stokach górskich. W Ałtaju Mongolskim w rzadkich lasach strefy wysokogórskiej dominuje modrzew syberyjski z domieszką limby, świerka i jodły. W poszyciu występuje czarna porzeczka, pięciornik śnieżny oraz różne gatunki wiciokrzewu. Łąki typowe dla strefy wysokogórskiej zaczynają się na wysokości 2800 - 3000 m n.p.m. i często graniczą bezpośrednio z pasem górskiego stepu. W piętrze "alpejskim" najbardziej rozwinięte są łąki kobrezjowe i turzycowe. Z traw występuje tu gatunek Ptilagrostis mongolica, konietlica i turówka wonna. Z innych gatunków roślin spotkamy pierwiosnka, szarotkę, rutewkę alpejską, maka. Im wyżej tym rzadsza roślinność. Najwyższe wzniesienia Ałtaju tworzą kamieniste złomiska z pojedynczymi roślinkami i porostami, a szczyty pokryte są lodowcami.

Strefę leżącą pomiędzy tajgą a stepem nazywa się lasostepem. W tej krainie geograficzno-przyrodniczej pokrywającej 26% obszaru Mongolii lasy porastają głównie stoki o ekspozycji północnej i północnozachodniej, zaś stoki południowe pozostają bezleśne, pokryte stepem łąkowym. Strefa lasostepu występuje głównie w dorzeczach Orchonu i Selenge, na obszarach z grzbietami górskimi o układzie równoleżnikowym (Changaj, Ałtaj) oddzielonymi od siebie dolinami rzek. Układ roślinności cechuje się swoistą przemiennością i różnorodnością gatunków, wśród których są te spotykane zarówno w tajdze, jak i na stepie łąkowym: ostnice (Stipa sibirica), turzyce (Carex rupestris), szarotki (Leontopodium ochroleucum), miłki (Adonis mongolica), astry (Aster alpinus), goździki (Diantus versicolor), dzwonki itp. Jest to też obszar bardzo malowniczy, o urozmaiconym górzystym krajobrazie, bogaty w strumienie, głębokie doliny rzeczne i wodospady.